保护区植被稀疏,多为沙生植物。草原以长芒草、糙隐子草、萎蒿、百里香、冷蒿为主;沙地上以油蒿、中间锦鸡儿为建群种;流沙上以沙米、沙竹、白沙蒿等为先锋群落;滩地植被类型有以寸草苔为建群种的湿滩地;以沙柳、乌柳等为建群种的柳湾林地,以芨芨草、碱蓬、红柳等为建群种的盐化滩地等。湖中的水生植物主要有会眼子菜、刚毛藻、绿藻等,无蒲、苇等挺水植物。
人工植被主要分布在保护区的北部,树种有杂交杨、旱柳、柠条、沙柳和柽柳等。主要农作物有糜子、玉米、马铃薯、荞麦和向日葵等。